Cuando un investigador llega a Macrogen con un proyecto NGS, la primera pregunta suele ser "¿WGS o WES?". La respuesta correcta a menudo es ninguna de las dos — sino un panel targeted más enfocado y económico. Esta guía te ayuda a decidir bien desde el día uno.
1. Las 3 opciones · qué cubre cada una
| Opción | Cubre | Cobertura típica | Datos generados / muestra |
|---|---|---|---|
| WGS (Whole Genome) | 100% del genoma · coding + non-coding + introns + intergénico | 30x – 100x | ~90-300 GB |
| WES (Whole Exome) | ~2% del genoma · solo exones codificantes (~30 Mb) | 100x – 200x | ~6-12 GB |
| Targeted Panel | Lista personalizada de genes (5-1500 genes) | 500x – 5000x | ~1-5 GB |
2. WGS · cuándo es la única opción
El Whole Genome Sequencing es el único método que captura todo el genoma, incluyendo regiones regulatorias (promotores, enhancers), structural variants (CNVs, translocaciones), variantes en repeats y intrones profundos. Eliges WGS cuando:
- Buscas variantes non-coding (e.g. enfermedades regulatorias)
- Quieres structural variants grandes (>1 kb)
- Estás haciendo de novo assembly (especies no secuenciadas)
- Necesitas reconstruir haplotipos completos (long-read PacBio o ONT)
- Investigación de cáncer somático profundo (tumor + normal pair)
- El presupuesto lo permite y no quieres limitarte a coding
Coverage típicos: 30x para germline humano · 60x para cancer · 100x para detección de variantes raras de subclones. 10x-15x para genome surveys (validación previa).
3. WES · el sweet spot clínico
El Whole Exome Sequencing captura solo las regiones codificantes (~30 Mb del genoma humano) usando hibridación con sondas. Pese a cubrir <2% del genoma, contiene ~85% de las variantes asociadas a enfermedad. Es la opción dominante para:
- Diagnóstico de enfermedades raras mendelianas (trio analysis: paciente + padres)
- Panel oncológico amplio cuando no sabes qué gen mirar
- Estudios de cohortes grandes (caso-control) donde WGS sería prohibitivo
- Variant discovery en exoma con presupuesto medio
Coverage típico: 100x para germline · 200x para tumor. Captura: Twist Comprehensive Exome (más moderna), Agilent SureSelect, IDT xGen.
4. Targeted Panel · cuándo NGS se vuelve barato
Si sabes exactamente qué genes te interesan, un panel targeted reduce el costo drásticamente sin perder calidad de variant calling. Aplicaciones típicas:
- Onco-paneles: 50-500 genes oncológicos accionables (BRCA1/2, KRAS, EGFR, etc.)
- Paneles de cardiología: 150-200 genes de cardiomiopatías y arritmias
- Paneles farmacogenómicos: variantes que predicen respuesta a fármacos
- Paneles de patógenos: identificación y resistencias en muestras clínicas
- HLA typing alta resolución para trasplante
Ventaja clave: con menos territorio cubierto, puedes ir a coverage muy profundo (500-5000x) y detectar variantes de muy baja frecuencia alélica (VAF <1%) — algo crítico para detectar enfermedad residual mínima (MRD) o subclones tumorales.
5. Cuestionario · respondes 5 preguntas y eliges
Antes de cotizar, responde estas 5 preguntas:
- ¿Sabes qué genes/regiones te interesan?
◦ Sí, una lista específica → Targeted Panel
◦ Solo coding, no sé cuáles → WES
◦ Discovery total → WGS - ¿Buscas variantes structural/CNV grandes?
◦ Sí → WGS (idealmente long-read PacBio) - ¿Necesitas detectar low-VAF (<5%)?
◦ Sí → Targeted Panel a alta profundidad - ¿Cuántas muestras vas a procesar?
◦ 1-10 → cualquiera de las 3 según pregunta
◦ 10-100 → considera WES o Targeted
◦ >100 → Targeted (escala económica) - ¿Presupuesto / muestra?
◦ <$200 → Targeted Panel pequeño
◦ $200-600 → WES
◦ $600-1500 → WGS 30x
◦ $1500+ → WGS 60-100x o long-read
6. Errores comunes que conviene evitar
- Pedir WGS cuando WES era suficiente: si solo te interesan variantes coding y SNVs, WES da el mismo resultado al 1/4 del precio.
- Pedir Targeted Panel sin tener la lista validada: si después se te ocurre incluir más genes, hay que re-secuenciar. WES da flexibilidad para "look elsewhere".
- Ahorrar en coverage: un WGS 15x da false-negatives en variants heterocigotas. El gold-standard germline es 30x mínimo.
- No incluir control normal en cáncer: distinguir somáticas de germline requiere comparar tumor vs blood/normal del mismo paciente.
- No anticipar storage: WGS de 50 muestras = 5 TB de FASTQ. Pide a Macrogen sólo VCFs + BAM si no harás re-analysis posterior.
7. Plataforma · Illumina vs PacBio vs Oxford Nanopore
Macrogen Iberoamérica opera tres plataformas según necesidad:
- Illumina NovaSeq X Plus · short read 150bp PE · el caballo de batalla para WGS, WES, Targeted, RNA-Seq estándar.
- PacBio Revio · HiFi long-read >10 kb · de novo assembly, structural variants, full-length isoforms, methylation simultánea.
- Oxford Nanopore · ultra long reads (cuando se requiera, contactar al equipo).
8. Sample reports · explora antes de pedir
Antes de cotizar, abre nuestros sample reports interactivos para ver exactamente qué recibirás:
- WGS Illumina Standard report
- WGS Novel PacBio HiFi report
- WES Illumina Standard report
- Ver los 21 sample reports en Recursos →
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