Epigenome Sequencing

Descripción

Tres técnicas, un mismo objetivo: regulación.

Ofrecemos los dos flujos epigenéticos más utilizados en investigación biomédica: análisis de metilación de citosinas (WGBS · Whole-Genome Bisulfite Sequencing) y perfilado de modificaciones de histonas y unión de factores de transcripción (ChIP-seq).

Cada flujo viene acompañado de su pipeline bioinformático estándar de oro: Bismark/methylKit para metilación, MACS3 para peak calling de ChIP/ATAC, y deepTools para visualizaciones.

Aplicaciones: oncoepigenética, biología del desarrollo, respuesta a estímulos ambientales, biomarcadores de envejecimiento, herencia epigenética.

Lo que recibes

FASTQ crudos	Por muestra
BAM	Alineamiento a referencia
Resultados específicos	BedGraph metilación / BED peaks
Análisis diferencial	DMRs / DiffBind / DESeq2
Reporte HTML	Visualizaciones interactivas

Opciones disponibles

Elige según tu pregunta regulatoria.

🧬

WGBS

Whole-Genome Bisulfite Sequencing — metilación de cada citosina en el genoma. También disponible vía librerías Accel-NGS Methyl-Seq, NEBNext EM-seq, Twist Human Methylome panel, SureSelect Methyl-seq (Human / Mouse).

Cobertura	15–30x
TAT	4–6 semanas

🧪

ChIP-seq

Perfilado de unión de proteínas (factores de transcripción, modificaciones de histonas) al DNA. Librería TruSeq ChIP-Seq.

Reads	20–50 M PE
TAT	4–6 semanas

Free tool · Google Colab

🧬 FASTQ.gz Viewer + Quality Control

Inspecciona tus archivos .fastq.gz antes o después del análisis: estructura de lecturas + histograma Phred (Q30) + contenido GC + calidad por posición estilo FastQC. Sin instalación, sin servidor, gratis.

📥 Descargar .ipynb Ver más info →

🛠

★ Reportes de ejemplo · sample

Vea cómo se ven nuestros reportes.

Diseño oficial idéntico al que recibirá su proyecto · datos ficticios · disponibles en Madrid y Santiago.

📊 Epigenoma · ChIP-Seq

Vea cómo se ve nuestro reporte ChIP-Seq.

Peak calling MACS2 · motif discovery · annotation vs TSS · diferencial.

ChIP-Seq

TF binding profile

TF-Bind

macrogen

Antibody: α-H3K4me3 · Sample: ChIP-001

Metric	Value
Total peaks (narrow)	22.541
FRiP (Fraction Reads in Peaks)	38,4 %
Promoter peaks (<2kb TSS)	71 %

Peak density around TSS

TSS

-3kb

+3kb

Top motif (MEME-ChIP)

CGCGCG·CCGGAAG·T

E-value: 1,2e-92 · matches: GABPA

MACS2 · MEME-ChIP · HOMER · ChIPseeker

★ SAMPLE

Vista previa · clic para descargar PDF completo (1,5 MB)

★ Epigenoma · ChIP-Seq

Qué incluye su reporte.

ChIP-Seq report completo: peak calling MACS2, distribución de peaks respecto a TSS, motif discovery con MEME/HOMER, comparación entre condiciones y tracks de genome browser listos para usar.

✓
Peak calling
MACS2 · narrow/broad peaks · FDR control
✓
Peak distribution
Distancia a TSS · promoter/enhancer/body
✓
Motif discovery
MEME-ChIP · HOMER de novo + known motifs
✓
Differential
DiffBind entre condiciones
✓
Genome tracks
BigWig + BED listos para IGV/UCSC
✓
GO enrichment
de los genes asociados a peaks

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Documento ejemplo · datos ficticios · diseño oficial usado en Madrid y Santiago.

📁 Ver los 12 sample reports en Recursos →