Diseñar un estudio de biología espacial conlleva decenas de decisiones, empezando por el tipo de muestra y expandiéndose rápidamente a workflows, outputs de datos y necesidades de análisis. Tanto si trabajas con muestras clínicas archivadas como con tejido recién colectado, el setup correcto marca la diferencia entre datos utilizables e insights perdidos.

Esta guía cubre qué esperar de un servicio de biología espacial, cómo pensar la decisión entre FFPE y fresco congelado, y qué buscar en un partner que pueda apoyarte de extremo a extremo.

¿Qué incluye un servicio de biología espacial?

A alto nivel, la biología espacial combina perfilado molecular con contexto tisular. Ya no solo mides qué está presente — mides dónde está ocurriendo.

La mayoría de los proyectos hoy caen en estas categorías:

  • Transcriptómica espacial — mapeo de expresión génica a través de una sección de tejido
  • Imaging espacial — vía hibridación in situ fluorescente (FISH)
  • Proteómica espacial — visualización de distribución y abundancia de proteínas
  • Workflows integrados — combinando datos de RNA y proteína para una vista más completa

¿Cómo impacta la colecta de muestra en biología espacial?

Hay muchas variables que pueden impactar significativamente la calidad de la muestra downstream. Es esencial preparar con rigor para asegurar resultados óptimos.

Consideraciones clave para la colecta:

  • Minimizar el tiempo entre excisión y congelación/fijación (tiempo isquémico)
  • Congelar tejido directo en nitrógeno líquido puede inutilizarlo para la mayoría de plataformas spatial
  • Asegurar que el tipo de fijativo sea aceptable para los protocolos downstream
  • Diferentes tipos de tejido tienen diferentes tiempos óptimos de fijación
  • Planificar la logística global de envío para FFPE vs muestras congeladas

Para muestras de biobancos, mucha de esta información a menudo no está disponible — por eso es esencial conducir procesos rigurosos de QC antes de proceder con cualquier experimento downstream.

Entendiendo tu tipo de muestra: FFPE vs fresco congelado

Las primeras decisiones en planificar un proyecto de spatial biology dependen del material de partida. Ambos formatos son ampliamente utilizados pero cada uno trae pros y contras propios.

Tejido FFPE (fijado en formalina, embebido en parafina)

FFPE es el formato por defecto para estudios clínicos y de archivo. El tejido fijado en formalina y embebido en parafina permite almacenamiento estable a largo plazo, y facilita el manejo y seccionado en análisis posteriores.

Por qué los investigadores lo usan:

  • Amplia disponibilidad en biobancos y repositorios clínicos
  • Estabilidad a largo plazo a temperatura ambiente
  • Logística global de envío simplificada vs muestras congeladas

Qué planificar:

  • Fragmentación y degradación del RNA. El proceso de fijación es duro con el RNA, impactando largo e integridad en muestras FFPE. A menudo los investigadores necesitan protocolos de low-input RNA sequencing para aprovechar el contenido restante.
  • Dependencia de QC y library prep optimizados. La calidad puede variar drásticamente, incluso dentro de la misma muestra FFPE. Métricas tradicionales como RIN no siempre son indicadores confiables. Un DV200 < 30% es un buen indicador de que el tejido no debería usarse para análisis spatial.

Con el enfoque correcto, FFPE puede entregar insights espaciales de alta calidad — solo requiere QC riguroso de RNA y morfológico antes de intentar cualquier experimento spatial.

Tejido fresco congelado

Las muestras frescas congeladas se prefieren típicamente para métodos que requieren alta integridad de RNA, como los que usan captura polyA. La preservación de mayor calidad de proteínas y ácidos nucleicos te da mayor señal para métodos de detección transcriptómicos y proteómicos.

Por qué los investigadores lo usan:

  • Mayor integridad de RNA
  • Mejor performance en workflows de transcriptómica espacial
  • Compatible con amplia gama de aplicaciones intolerantes a fijación

Qué planificar:

  • Mayor complejidad de almacenamiento y manejo. Las muestras deben ser snap-frozen en isopentano inmediatamente post-excisión. No usar isopentano puede llevar a formación de cristales de hielo y daño morfológico, inutilizando la muestra para spatial biology. Envío y almacenamiento también presentan desafíos: requieren congelación profunda y envío rápido en hielo seco.
  • Menor disponibilidad para ciertas cohortes clínicas. Muchas disciplinas de investigación no pueden depender de colecta a gran escala de tejidos frescos congelados. Estudios retrospectivos suelen depender de biobancos que se apoyan fuertemente en FFPE.

¿Cómo se ve un workflow end-to-end de biología espacial?

Una vez determinadas las muestras, el siguiente paso es la ejecución. Un workflow sólido típicamente incluye:

1. QC de muestra

  • Evaluación de calidad de RNA — robusto QC de RNA es esencial antes de proceder.
  • Chequeo de integridad tisular — buscando núcleos intactos, regiones tisulares distintas, bordes celulares claros, y mínimo desgarro o doblez. Tejido con buena morfología es más probable que genere datos robustos.

2. Histología

La mayoría de plataformas spatial tienen requerimientos muy específicos de preparación y posicionamiento del tejido. Esto incluye tipos de slides especiales (algunas plataformas requieren slides del fabricante), colocación del tejido (guías específicas), tinción (H&E para evaluar morfología), scrolls/curls para RNA QC (requeridos para extracción de RNA y QC previo).

3. Wetlab workflow y captura de datos

Cada plataforma tiene distintos pasos basados en la química y el formato del output. Pero hay elementos comunes dado el objetivo fundamental de spatial biology — capturar información de transcritos específicos por célula mientras se retiene la ubicación de cada célula dentro del tejido:

  • Captura de ubicación del RNA — cada transcrito debe hibridarse a un barcode que denota su ubicación
  • Segmentación celular — los límites de todas las células deben anotarse
  • Identificación de transcritos — transcritos individuales deben identificarse y cuantificarse
  • Overlay de datos — identidades y ubicaciones se superponen al mapa de células dentro del tejido

4. Preparación de librería & selección de assay

  • Protocolos optimizados para FFPE — pasos como tratamientos térmicos o químicos adicionales para revertir el crosslinking causado por formaldehído. Como el RNA está fragmentado, las librerías pueden diseñarse para inserciones cortas o paneles basados en probes.
  • Preparaciones para fresco congelado — es crítico que el laboratorio haga preparaciones avanzadas. Hielo seco es necesario para mantener los slides congelados y prevenir degradación del RNA.
  • Requerimientos de resolución — la elección del assay depende fuertemente de si el estudio requiere resolución single-cell/subcelular vs perfilado a nivel de región/spot. Para true single-cell, las tecnologías imaging-based son las plataformas de elección (aunque suelen ser menor plex). Si el descubrimiento es el objetivo, las plataformas sequencing-based suelen entregar datos de transcriptoma completo pero sin true single-cell.

5. Secuenciación

Aplicable solo para plataformas con output basado en secuenciación. Los assays spatial vienen con recomendaciones distintivas: read length, paired-end vs single-end, profundidad por área de captura. Alinear parámetros con el assay asegura calidad óptima.

6. Bioinformática & reporting

  • Mapeo espacial y visualización — datos de secuenciación se mapean de vuelta a su ubicación física en el tejido
  • Clustering y anotación — métodos computacionales agrupan células similares basadas en perfiles de expresión, seguido de identificación usando marcadores conocidos
  • Integración e interpretación — datos espaciales a menudo se combinan con bulk o single-cell RNA-seq para fortalecer conclusiones
  • Outputs claros e interpretables — incluye datos crudos pero también análisis avanzados: expresión, visualizaciones, identificación celular y reportes ejecutivos
  • QC y transparencia de reporting — métricas finales (depth de lectura, gene counts, eficiencia de mapeo) para evaluar confiabilidad

Qué buscar en un proveedor de servicios de biología espacial

Pocos factores separan un proyecto fluido de uno frustrante. Cuando evalúes proveedores, pregunta si tienen:

  • Experiencia trabajando con tanto FFPE como fresco congelado
  • Deliverables de datos claros y utilizables
  • Flexibilidad para adaptarse a tu diseño de estudio
  • Acceso a soporte científico cuando surgen preguntas

En la práctica, esto es lo que determina si solo recibes datos o realmente obtienes respuestas.

"Un proyecto bien diseñado de spatial biology empieza con la muestra correcta y triunfa con el workflow correcto detrás."

Macrogen Iberoamérica · servicios de spatial biology

Nuestros equipos en 🇪🇸 Madrid y 🇨🇱 Santiago trabajan con investigadores en proyectos de biología espacial conectados a la red global Macrogen Inc., incluyendo:

  • QC riguroso de muestras FFPE (DV200, evaluación morfológica) antes de cualquier experimento spatial
  • Logística internacional optimizada para muestras frescas congeladas (hielo seco · cadena de frío trazada)
  • Acceso a plataformas top-tier vía red Macrogen (10x Visium HD, Xenium, otras)
  • Bioinformática completa — clustering, anotación, integración con datos NGS/single-cell
  • Reportes ejecutivos en español + soporte 24/7 zona horaria local
  • Facturación local: USD (Chile/Perú) o EUR (España/Portugal) — sin comisiones de cambio

¿Planeando un estudio de spatial biology? Conversa con nuestros bioinformáticos en Madrid o Santiago — consultoría inicial sin costo. Podemos mapear contigo el approach correcto antes de mover muestras.

Adaptado de un artículo original de Psomagen, hermana corporativa de Macrogen en EE.UU. Fuente original ↗