Los oligonucleótidos sintéticos son la materia prima invisible de toda biología molecular moderna. Cada PCR, qPCR, RT-PCR, secuenciación Sanger, mutagénesis dirigida o sonda fluorescente arranca con un oligo. Esta guía te ayuda a especificar el correcto.
1. Anatomía de una orden de oligo
Cuando solicitas un oligo, tienes que especificar 6 parámetros:
- Secuencia (5' → 3')
- Longitud (típicamente 18-30 bases para primers, hasta 200+ para sondas/genes)
- Escala de síntesis (25 nmol, 50 nmol, 250 nmol, 1 µmol, 10 µmol…)
- Purificación (Standard desalt, HPLC, PAGE)
- Modificaciones (fluoróforos, quenchers, phosphorothioate, biotin, etc.)
- Formato de entrega (liofilizado vs disuelto, normalizado vs no)
2. Escala de síntesis · cuánto pedir
La escala determina la cantidad final que recibes. Como regla general:
| Escala | Rendimiento típico (25-mer) | Uso recomendado |
|---|---|---|
| 25 nmol | 2–4 nmol (~80 µg) | PCR de rutina · screening · primer testing |
| 50 nmol | 4–8 nmol (~160 µg) | qPCR a mediana escala · librerías NGS pequeñas |
| 250 nmol | 20–40 nmol (~800 µg) | qPCR masivo · diagnóstico clínico de rutina |
| 1 µmol | 100–200 nmol (~4 mg) | Manufactura de kits · cohortes grandes |
| 10 µmol | 1–2 µmol (~40 mg) | GMP · producción comercial |
Para un lab académico estándar, 25 nmol cubre >1.000 reacciones PCR — empezar con la escala más pequeña casi siempre es suficiente.
3. Purificación · cuándo pagar el upgrade
Tres niveles de purificación, en orden creciente de costo:
- Standard desalt (default): adecuado para PCR, qPCR estándar, secuenciación Sanger. Pureza ~85-90%.
- HPLC: elimina oligos truncados. Obligatorio para oligos largos >40 bases, sondas FRET (TaqMan, Molecular Beacons), y NGS library prep adaptors.
- PAGE: la más estricta, separa por tamaño exacto. Reservada para mutagénesis dirigida, ASO terapéuticos y siRNAs.
Si tu oligo < 25 bases y es para PCR estándar → desalt es perfecto. Sobre 30 bases o con modificaciones fluorescentes → siempre HPLC. Para mutagénesis o IVT → PAGE.
4. Modificaciones · el menú de Macrogen
Los oligos modificados desbloquean aplicaciones avanzadas. Las modificaciones más usadas:
Fluoróforos 5' / 3'
- FAM (495 nm) · TaqMan probes · más común
- HEX / VIC · multiplexing con FAM
- TET · alternativa a FAM
- Cy3 (550 nm) · Cy5 (650 nm) · FISH, microarrays
- ROX · reference dye en qPCR
- Texas Red · sondas Molecular Beacon
Quenchers
- TAMRA · clásico, emite a 580 nm
- BHQ-1 / BHQ-2 / BHQ-3 · "Black Hole Quenchers" sin emisión, ideales para multiplex
- MGB · Minor Groove Binder, aumenta Tm en sondas TaqMan cortas
Modificaciones de backbone
- Phosphorothioate (PS) · resistencia a nucleasas · ASOs, antisense
- Methylated bases (5-Me-dC) · estabilidad y Tm
- 2'-O-Methyl RNA · siRNA hybrids
- LNA (Locked Nucleic Acid) · alta especificidad para SNP genotyping
Conjugates de afinidad
- Biotin 5' o 3' · pull-down con streptavidin
- Amino linker (NH2) · conjugación covalente a peptidos/superficies
- Thiol (SH) · conjugación a gold nanoparticles
- Click chemistry handles (azide, alkyne) · bioconjugación selectiva
5. QC obligatorio en Macrogen · MALDI-TOF MS
Todos los oligos de Macrogen pasan por MALDI-TOF mass spectrometry que verifica el peso molecular exacto. Recibes un certificado con el espectro MALDI-TOF, garantizando la identidad del oligo dentro de ±0,1% de masa teórica.
Para oligos modificados (fluoróforos, quenchers), el MALDI-TOF confirma que la conjugación se realizó correctamente — algo que un simple análisis por absorbancia OD no detecta.
6. Diseño · tips para evitar oligos malos
Antes de mandar a sintetizar, valida tu oligo en silico:
- Tm entre 55-65°C para PCR estándar (calculadora Primer3 o IDT OligoAnalyzer)
- GC content 40-60% · evita pistas de G consecutivas (>3 Gs)
- Sin self-complementarity >4 bases (forma hairpins que reducen yield)
- Sin homodímeros de 3' (causan primer-dimer artifacts)
- 3' end con C o G (clamps mejor pero menos crítico)
- Specificity via BLAST contra el genoma target — descarta primers que peguen en múltiples sitios
7. Tarifas Macrogen · transparentes y sin sorpresas
Macrogen Iberoamérica ofrece síntesis DNA Oligo competitiva:
| Item | Precio USD | Precio EUR |
|---|---|---|
| Base estándar (sin modificación) | $0,20 / base | €0,19 / base |
| FAM 5' o 3' | +$30 | +€28 |
| HPLC purification | +$25 | +€23 |
| PAGE purification | +$45 | +€42 |
| Envío MOPC patentado | GRATIS | GRATIS |
TAT estándar: 5-7 días hábiles desde recepción de la orden a entrega en Madrid o Santiago.
8. RNA Oligos · cuando necesitas RNA sintético
Para siRNAs, antisense, aptámeros y controles RT-PCR, ofrecemos también RNA synthesis en el sintetizador MerMade 12. Pricing: $4 / base. Modificaciones 2'-OMe, 2'-F, PS y phosphate.
9. Gene Synthesis · cuando un oligo no alcanza
Para construcciones de DNA >200 bases, conviene la síntesis de genes completos (gene synthesis) que asambla los fragmentos sintéticos en un único constructo, clonado en el vector que elijas. Validación por Sanger incluida. Pricing desde $180/gen (hasta 500 bp).
DNA · RNA · Péptidos · Genes
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