Sanger · Fragment Analysis

Análisis de fragmentos (GeneScan).

Separación y análisis de productos de PCR marcados con fluoróforos mediante electroforesis capilar de alta resolución en ABI 3730xl. La solución de referencia para genotipado, microsatélites (SSR), SNPs y análisis de alelos.

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Aplicaciones

Para qué se usa.

Genotipado y análisis de microsatélites (SSR / VNTR)
Perfilado de ADN y detección de mutaciones con fines médicos
Inestabilidad de microsatélites (MSI)
AFLP — polimorfismo de longitud de fragmentos amplificados
T-RFLP — polimorfismo de fragmentos de restricción terminales
SRAP — polimorfismo amplificado relacionado con secuencia
Cuantificación fluorescente relativa — pérdida de heterocigosidad (LOH), aneuploidía y deleciones cromosómicas grandes
Investigación agrícola y mejoramiento genético

Un solo proveedor para primer y corrida Sintetizamos también tus primers marcados con fluorescencia (5'-6-FAM, 5'-HEX, 5'-TAMRA, 5'-ROX, entre otros), lo que reduce errores de compatibilidad. Ver síntesis de oligos de ADN →

Requisitos de la muestra

Tipo de muestra	Productos de PCR ya amplificados y marcados con fluorescencia
Volumen	20 µL por muestra
Concentración	Recomendada 50 ng/µL
Tubos	Ámbar o negros (o protegidos de la luz) para evitar degradación del fluoróforo
Sellado	Hermético, para prevenir evaporación y contaminación cruzada
TAT	5–7 días hábiles desde recepción y confirmación de la orden

Entregables

Resultado estándar — datos crudos en formato .fsa, compatibles con Peak Scanner o GeneMapper.
Análisis de alelos (adicional) — análisis con GeneMapper v.5, tabla de alelos en Excel y reportes PDF (Raw Peak y Size Peak).

Modalidades

Formatos de servicio.

Modalidad	Formato	Tamaño máx. de producto PCR
GeneScan · Single 600 LIZ	Tubo individual	Hasta 600 bp
GeneScan · Single 1200 LIZ	Tubo individual	Hasta 1.200 bp
GeneScan · Plate 600 LIZ	Placa 96 pocillos	Hasta 600 bp
GeneScan · Plate 1200 LIZ	Placa 96 pocillos	Hasta 1.200 bp

¿Qué dye set debo usar?

Sets de fluoróforos compatibles y marcadores de tamaño según el canal de detección.

Canal	DS-30	DS-33	Síntesis Macrogen (mod. 5′)
Azul	6-FAM	6-FAM	5′-FAM — coincidencia directa en ambos sets
Verde	HEX	VIC	5′-HEX (directa en DS-30) · JOE · TET · Yakima Yellow (próximas a VIC)
Amarillo	NED	NED	5′-TAMRA · CY3 · CAL Fluor 560 (alternativa espectral; NED es propietario de ABI)
Rojo	reservado al size standard	PET	5′-ROX · TexasRed · CAL Fluor 610 · ATTO565 — solo en DS-33
Marcador de tamaño	350 ROX · 400HD	120 · 500 · 600 · 1200 LIZ	Lo aporta Macrogen con la corrida

Dos reglas antes de encargar primers marcados 1 · No uses el fluoróforo reservado al marcador de tamaño. En DS-30 el canal rojo lo ocupa el size standard ROX: un primer marcado con ROX invadiría ese canal. Úsalo solo en DS-33, donde el marcador es LIZ.

2 · VIC, NED, PET y LIZ son propietarios de Applied Biosystems y no pueden sintetizarse por terceros. Las alternativas ocupan una posición espectral próxima pero no idéntica: la calibración espectral (matrix) de tu equipo debe contemplar el fluoróforo empleado, o aparecerá pull-up entre canales. Confirma siempre con nuestro equipo la combinación fluoróforo + dye set + matrix + software.

Nota sobre CY5 y CY5.5: emiten >660 nm, fuera del rango de un set estándar de 4 colores. Solo en configuraciones de 5 dyes calibradas — consúltanos antes de diseñar un multiplex con ellos.

Humanizing Genomics

One Team. One Macrogen.

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